果菜类畦面套种双孢菇栽培模式中，双孢菇处于从属地位，所以双孢菇培养料的堆制发酵时间，一般在主栽作物定植前一个月左右建堆，如果9月上旬定植蔬菜，则在8月初就应建堆发酵。
栽培原料的选择及配制
主料以小麦秸为主的各种禾本科（稻草、黍秸、玉米秆、高梁秆等）秸秆及各种纯畜禽粪便，辅料有碳酸氢铵（屎素）、石膏、石灰、碳酸钙、过磷酸钙、饼肥等。配制栽培原料以栽培面积每平方米为计算单位，需干麦秸（稻草、玉米秸、高梁秆等）12公斤，各种畜禽干粪便12公斤，碳酸氢钙、石灰、石膏、过磷酸钙、碳酸氢铵（尿素）等辅料各0.5公斤。
培养料的堆制发酵
采用一次发酵法，即在室外一次完成培养料的堆制过程，时间为30天左右。
1. 麦秸的预湿预堆 按比例称奸千麦秸进行预湿，边堆放、边喷水、边踩实，堆要高些、宽些，堆的四周应有大量水流出。预湿2天后，把麦秸铺放成宽1.8米、厚30厘米、长任意的麦秸堆，上面撒一层碳酸氢铵，浇完水后再撒一层石灰。预堆时加入另一半碳酸氢铵与一半石灰。堆完之后边缘有水流下。
2. 辅助材料及牛马粪预堆 把牛马粪与辅助材料放在一起，先干拌均匀（辅料先加入一半），加水至手握成团、丢下即散（含水量55%～60%）的程度，把预湿后的牛马粪及辅助材料堆放成宽高各1米，长任意的堆。
3. 建堆 预堆4天后建成宽和高各1.8米，长任意的堆，堆顶为拱形。建堆时先铺一层30厘米厚麦秸，然后撒上一层预过堆的粪，堆完之后堆的四周不得有水流现象。
4. 翻堆 翻堆时间根据具体情况而定，可在堆温达到最高并开始下降时翻堆。（堆温达到65℃左右），把麦秸与牛马粪充分混均。翻堆时是否喷水要根据堆的含水量具体确定。翻堆4次后，棚内消毒后即可进棚。
整地做高垄
深翻40厘米左右，均匀施入腐熟的有机肥，然后按照菜菌套种的要求，把由单纯栽培蔬菜的高畦，演化成两个小高垄夹一沟（宽度与原来的高畦一致）。即做宽30厘米，高15～20厘米高垄，大垄距为60厘米，小垄距为40厘米，小垄距用于铺双孢菇培养料，填平后即成为高畦。
温室播种及养菌
1. 菇棚消毒 菇棚在进料前和进料后各消毒一次，每立方米按5克高锰酸钾与8毫升甲醛混合熏蒸，熏蒸时门窗紧闭，2～3天之后打开通风口进行通风。
2. 铺料播种（混播法） 培养料按面积大小分堆堆放，铺料时打开门窗，放氨味，料面平整，铺料厚25～30厘米。播种时将一半菌种的用手抖动撒落在培养料里，然后再把另一半均匀的撒在培养料表面。播种量为每平方米1.5～1.8瓶（罐头瓶）菌种。
3. 养菌 播种到覆土之间为养菌期，前期保湿发菌，3天之内保持80%水分，3天后少量通风。7天以后加大通风量，后期打扦。
4. 覆土 土质要求持水率好、不板结，土粒为黄豆粒至杏核大小之间，并从地表20厘米以下取土。覆土前将其在阳光下暴晒24小时，用甲醛和高锰酸钾消毒，再覆盖塑料薄膜闷2～3天。覆土厚度3～4厘米。
定植主栽蔬菜
双孢菇栽培料进棚铺完并消毒后，根据预订蔬菜种苗（成品苗）运来的时间早晚，于双孢菇播种前后均可定植蔬菜种苗，然后按照各类蔬菜的生物学特性进行正常的栽培管理。
发菌期遮光保湿管理
双孢菇在整个生长周期都具有喜阴特性，而主栽果菜类在定植初期，因秧苗较小无法起到遮阴作用，所以在培养料养菌期和覆土层养菌期均需要避光管理。具体方法是：在培养料上面覆盖一层牛皮纸（报纸）或支上小拱棚覆盖黑薄膜，这两种方法都能达到遮阴保湿的作用。
出菇期管理
双孢菇菌种播后35天左右即可出菇，此时，定植的果菜类蔬菜植株也已经长大，已能起到避光遮阴的作用。此时主栽的果菜类蔬菜按正常的栽培管理，基本上也能满足双孢菇的生长条件，所不同的是水分管理，在通风换气的同时，采用轻喷勤喷的方法施好结菇水和出菇水，以利高产。
注意事项
1. 发料不要过熟 双孢菇与番茄共生期处于高温高湿环境，菌料老化快，所以发料宁生一点，勿过熟，确保番茄的正常产量。
2. 菌料上设黑膜小拱棚 在菌料面上撒完菌种，经过发菌覆土后，在料面上支小拱棚再覆上黑膜，避免了温室内湿度增大，利于番茄的生长发育。
3. 增加铺料厚度 双孢菇正常投料每平方米25公斤，菌菜套作栽培生长期长，又高温高湿，所以每平方米投料量增到35公斤，为双孢菇的生长提供充足的营养。
