黑木耳的采耳时间应在雨后天晴，耳片稍干后采摘，或者前一日停水，次日耳片上无水滴时采。采收时用手指捏住耳基的基部采摘下来，勿留耳基。夏季多雨时，大部分耳片已经成熟，可大小耳片一起采下，以防流耳。
采收方法是否得当，直接影响木耳的等级，也就是说适时采收与干制，可以卖到好的价格。许多菇农只顾到高产，却忽视干制影响质量。直接影响耳农的经济效益。
根据经验可按以下所述进行采收：
1、耳片舒展、朵片肥厚、根收缩变细、摇动耳杆时可看出耳片颤动，凡具备以上特征就是成熟的木耳，不论耳片的大小均应立即采摘。
2、为了适时采收，使木耳晾晒干制外形美观，采收木耳应在雨后初晴待耳片收边进行。新鲜湿润的黑木耳耳片滑腻，既不便于采摘，又不能拔起耳基（耳根基部），应在雨后天晴，待木耳晒至半士（耳片已干、基部尚润）时采收，最好是在耳片全干后，趁晴天晨露未干、耳片潮润时采摘。过干时，则应先喷水，让耳片回润后再采，否则容易弄碎耳片，造成损失。晴天的早晨采收不完，要看天气预报如果第二天白天是晴天，可第二天早继续采摘，当天晚上有雨，急需当天采摘完，可采取喷少量的细雾，使木耳潮软再采摘，这样采摘的木耳，含水量少，容易晒干，不会出现“拳耳”，碎耳也少，遇高温高湿天气的木耳七成熟就要采摘避免流耳，烂耳，老耳，降低产品质量。
3、采收木耳时用指捏住木耳的基部，左右一转就可摘掉，但必须连耳根采净。在采摘时如有耳根没有被摘起要及时用小刀尖挖起，残留在耳杆上的耳根，在采摘时如不及时挖出，雨淋后会溃烂，引起杂菌和害虫的危害，甚至会感染整个耳杆和其它耳杆，溃烂会导致耳杆不出耳。如发现流耳的耳杆，应用清水洗掉，挖净流耳根基，凉干后用浓度为10%的生石灰水加0.3%食盐混合擦洗伤口，也可使用其它杀菌药物涂抹。
在结合采收时应旋转耳杆由阴面朝阳面，以促均匀产耳，不可调头、调头极易出现烂耳及影响耳形，会降低等级。不同时期长出的木耳，采收的要求有所不同。春耳（小暑前生长的木耳）、秋耳（处暑后生长的木耳）要求采大留小，因为这时气温较低，虫害小，应把幼耳留下来让它继续生长。伏耳（小暑到处暑生长的木耳）要求大小一起采收，由于伏天气温高，虫害多，留下的幼耳常被害虫吃掉。
