综合开发和利用菌糠资源是发展循环经济的新途径，同时能更好地保护环境，节约资源。
常见的综合利用模式有：
1.利用食用菌菌糠生产生物有机肥，形成“秸秆—食用菌—菌糠—生态有机肥料” 模式；
2.利用食用菌菌糠生产畜牧饲料，形成“秸秆—食用菌—菌糠—饲料—牲畜饲养”模式；
3.利用食用菌菌糠生产清洁能源，形成“秸秆—食用菌—菌糠—沼气—清洁能源”模式。
菌糠是指以棉籽壳、锯木屑、稻草、玉米芯、甘蔗渣及多种农作物秸秆、工业废料(如酒糟、醋糟、造纸厂废液及制药厂黄浆废液等)为主要原料栽培食用菌后的废弃培养基。上述原料因其有效营养物质尤其是粗蛋白质含量极低导致其可饲性能差，或因其组纤维含量维过高严重制约了动物对营养物质的消化吸收率和适口性，或因其抗营养因子含量过高影响了营养物质的有效利用，通常很少或根本不作为畜禽伺料。但是以这些原料为培养基栽培食用菌后，通过食用菌菌体的生物固氮作用、酶解作用等一系列生物转化过程，粗蛋白质、粗脂肪含量均比不经过食用菌发酵前提高二倍以上，纤维素、半纤维素、木质素和抗营养因子如棉酚等均已被不同程度的降解，其中粗纤维素降低50%以上，木质素降低30%以上，棉酚降低60%以上，同时还产生了多种糖类、有机酸类和生物活性物质。上述一系列生物转化过程，不仅增加了原料中有效营养成分的含量，而且提高了营养物质的消化利用率，同时还增加了菌糠的适口性和作为畜禽饲料的安全性。经适当加工处理，即可做成饲料或添加剂，替代部分粮食，降低生产成本。
比如：用牛粪等培养料培养蘑菇等食用菌。1000千克粪草(牛粪约占50%-70%)培养料能收获鲜菇130-160千克，并得到600千克菌糠。菌糠是收获蘑菇后的培养料，其中长满白色粗壮的蘑菇菌丝，具有蘑菇香味，松脆，晒干后极易制成粉，即菌糠饲料。据报道，18厘米厚的蘑菇培养料(菌糠)粗蛋白质含量占干物质重量的10.41%-10.54%，所以是饲养鱼、畜、禽的好饲料。菌糠投入鱼池后呈悬浮和半悬浮状态，无论是直接投喂或与其他饲料混合制成颗粒饲料都有利于多种鱼类摄食。菌糠在鱼饲料中所占比例一般为40%左右。 菌糠也是培养蚯蚓的优质材料。蚯蚓是鱼、畜、禽的优质饲料，蚯蚓体液又是颗粒饲料的良好的粘结剂和引诱剂。蚯蚓还是多种名贵水产品的活饵料。蚯蚓养鱼，可直接投喂，或以鲜蚓按7%-10%掺人颗粒饲料中投喂。蚯蚓养禽每日每只鸡、鸭分别30-50克和50-100克。喂奶牛，清洗后切碎，拌人混合饲料，每日每牛喂250-500克。
总之，随着人们对食用菌需求量的猛增和栽培食用菌技术的推广普及，各地生产食用菌后的大量废弃培养基——食用菌菌糠，已成为数量十分可观的重要饲料资源。据报道，我国菌糠年产量约80～100万t，除少量被用作畜禽饲料外，大部分当作废料而被浪费掉。在我国人口众多，资源匮乏，不可能完全依靠粮食发展畜牧业的现实条件下，如果能充分开发利用非常规饲料资源——菌糠，既可以做到废物利用、改善环境，又可以缓解人口剧增和粮食消耗同步增长对饲料用粮的影响，降低饲养成本，因此开发菌糠饲料具有十分重要的现实意义和经济价值。
