母种、原种的制作
把分离提纯后的银耳菌丝和香灰菌丝单独分开培养于试管中（详细的分离方法请浏览：银耳菌种的分离技术一文）。生产母种时，先取出银耳菌丝，并扩大到所需要的管数。然后放在25℃培养到银耳菌落直径约lcm左右。此时，再在每支长了银耳菌丝的试管中，接种极少量香灰菌丝，待两者长在一起时，就可以出售或用于原种生产了。
如先接香灰菌丝，因香灰菌丝生长快，很快覆盖斜面，并很快消耗养料，其后接上的银耳菌丝就不易生长。
若香灰菌丝和银耳菌丝同时接种在一支试管中，同样会出现银耳菌丝少、香灰菌丝数量多的缺陷。
因此，生产银耳母种（试管种）时一定要注意接种的先后，以及注意控制两者的比例。
制作银耳菌种有必要了解银耳及其“伴生菌”香灰菌丝的关系：
在可以人工种植的食药用中，属于这种类型的菌目前仅有银耳和金耳。它们子实体的形成，银耳除了要有纯银耳菌丝外，还必须有“伴生菌”即香灰菌的帮助；金耳除了要有纯金耳菌丝外，还必须有粗毛硬革菌的帮助，两者缺一不可。在一般条件下，银耳和金耳的纯菌丝体生长相当缓慢，分解木质素、纤维素能力极弱，分别要依赖于香灰菌丝和粗毛硬革菌丝分解基质，提供它们生长发育所需的养分，否则便不可能形成子实体。所以在扩繁银耳、金耳母种时，必须将两种相应的菌丝体，移接在同一培养基上进行混合培养。现以银耳为实例介绍两种菌丝混合制种技术：
1、斜面母种混接法
取纯银耳菌丝试管母种和新配制的PDA斜面试管各一支，连同接种器具一起放入接种室（箱）中，按无菌操作进行转接，即挑取米粒大小、带培养基菌种一块，移接于空白试管斜面培养基上，加棉塞后置22-24℃下恒温培养6-8天。当银耳菌丝长至似绣球状如黄豆大小时，再连同香灰母种一起移入接种室（箱）里，按无菌操作用接种铲在距银耳纯菌丝团约2厘米处，接入一小块香灰菌丝母种，培养2天在接种块上便可见到白色菌丝，7天左右即形成白毛团而覆盖银耳纯菌丝团，12-15天在白毛团的上方可见到有红、黄色水珠即为成功。
需要指出，用银耳与香灰菌的斜面混合母种扩接原种时，应切去斜面的前后端，只取其绣球状的银耳纯白菌丝及附近黑灰色的香灰菌丝用于转接。因此1支斜面母种只能接1瓶原种。
2、瓶装木屑原种混接法
如果没有银耳纯菌丝，将银耳孢子培养出芽孢母种，再接入瓶装木屑培养基制成的香灰菌母种，混合培养而成。
根据接种需要量，按1支香灰斜面母种扩接12-15瓶木屑培养基的比例，将香灰菌母种试管和经灭菌的瓶装木屑培养基，以及接种用的器具，一起放入接种箱里，按无菌操作，用接种铲挑取黄豆大小的香灰菌母种一块，接入木屑培养基瓶中。接种完毕，移至24-26℃下培养，约经2天即可见到接种块上萌发白色菌丝。此后要隔天检查，发现杂菌及时检出剔除。一般培养11天左右，香灰菌丝可向培养基内延伸约3厘米，此时可观察到培养基表面有灰褐色或黑褐色的分泌物，这表明香灰菌丝生长旺盛，应及时接入银耳芽孢母种。
按1：12－15的比例，取银耳芽孢母种试管和培养好的木屑培养基香灰菌母种；一起放入接种室（箱）中，按无菌操作，用无菌接种刀划破香灰菌丝表层，再用无菌接种铲挑取少量银耳芽孢，接入香灰菌丝体中。混合后将瓶移至23-25℃下培养，经10天左右即可见到银耳芽孢接种处生长浓白色菌丝。再培养18天左右即出现红、黄色水珠，25天左右便可观察到有扭结状子实体原基，说明培养成功。1瓶这样的木屑混合种可扩接30-40瓶原种（二级种）。
栽培种的生产
根据原种生长的好坏，耳基大小，银耳菌丝“吃料”的深度，来决定每瓶原种应扩接的瓶数。为了保证质量，尽量控制在40-60瓶之内。如果原种能搅拌得很均匀，使银耳菌丝和香灰菌丝混合得很均匀，每瓶原种也可能接100-200瓶种植种。
注意事项
要生产出优良的银耳菌种，除了注意上述的各项要求，如无菌操作之外，还必须注意如下几个方面：
1. 生物专一性
银耳菌丝和香灰菌丝配合也有专一性。因此，为了生产有效的银耳菌种，我们必须从同一块耳木上分别获得银耳的纯培养（包括酵母状分生孢子或银耳菌丝）和纯的香灰菌丝。不同地区或同一地区不同耳木（树种）上得来的银耳菌丝和香灰菌丝不能随便调换，随意组合。否则，就有造成衰败的可能性。经调换和组合的效果，必须根据银耳菌丝在木屑培养基中定植的情况，以及耳基形成的大小，开片的情况来判断。凡是银耳菌丝能继续生长，形成耳基和顺利开片的，便可以继续扩大并用于生产，否则就不能使用。
2. 接种比例
根据银耳菌丝生长较慢，香灰菌丝生长很快这一个特点，在纯的混合培养时，必须注意银耳菌丝和香灰菌丝的接种比例。为了达到控制两者的接种比例，采用先培养银耳菌丝，后配香灰菌丝的办法，最为理想。如果说银耳菌丝的接种比例应达到1000：1也不算过份的（银耳菌丝发展到直径约1cm，其内有成千上万条菌丝，只要配上几条香灰菌丝就可以了）。否则，银耳菌丝很少，香灰菌丝占绝对优势，将来就不会出耳或出耳率很低。若采用在香灰菌丝中加人酵母状分生孢子的方法来生产菌种的话，那么银耳酵母状分生孢子的数量是很大的，每毫升培养液中银耳酵母状分生孢子的个数可达10亿-100亿个。在香灰菌丝生长的木屑培养基中加入酵母状分生孢子液，因酵母状分生孢子分散在木屑颗粒中不集中，而且不是所有的酵母状分生孢子都能萌发成菌丝。因此，用此法生产银耳菌种，效果不很理想，若得不到银耳菌丝，可以把银耳酵母状分生孢子集中地涂在长了香灰菌丝的木屑培养基表面，这样银耳酵母状分生孢子比较容易萌发。
3. 培养条件
银耳纯菌种（酵母状分生孢子或银耳菌丝）的培养条件和银耳原种、种植种（混合培养）的培养条件是有一些不同的。因此，必须注意混合培养的条件，使银耳菌丝和香灰菌丝都能适应同一培养基，同一培养条件。例如将温度控制在20-28℃范围之内（最好是23-25℃）。原种的含水量控制在65%，种植种的含水量控制在65%-70%之间。因为原种培养基稍干，有利于银耳菌丝的生长，不易产生酵母状分生孢子，有利于扩大为种植种；而种植种稍湿一些，有利于酵母状分生孢子的产生和繁殖，此孢子液渗入木屑培养基深处，和香灰菌丝均匀混合，可以弥补银耳菌丝“吃料”不深只长在表层的缺陷，使出耳率更高，更稳定。
还必须根据每一瓶原种耳基生育的状况，来确定该原种是否可以扩大为种植种，以及每瓶应扩大几瓶种植种。凡是混合培养后，能使银耳酵母状分生孢子萌发，银耳菌丝能继续生长，形成耳基，耳基能不断长大的组合，都是有实际应用价值的菌种。原种经严格挑选，凡耳基大，银耳菌丝生长多（吃料深的），香灰菌丝粗壮有力，搅拌后扩接的瓶数就多。反之，就不应扩大为种植种。为了更加保险起见，每瓶以扩大40-60瓶为宜。总之，必须使每一瓶新接种的培养基都有银耳菌丝和香灰菌丝，或酵母状分生孢子和香灰菌丝。或者把原种搅拌之后，塞上棉花塞再培养3-5天，使搅断的银耳菌丝再生新的菌丝，这样才能保证种植种的质量。
4. 提纯复壮
为防止菌种因长期使用，生活力降低，出现耳片发黄，不易开片，再生力差的毛病。根据生产的方式选用不同菌龄、不同生理成熟度的银耳菌株。如段木种植时，应选菌龄小，成熟度低，银耳气生菌丝一白毛团旺盛，不易胶质化的菌株；瓶栽时，应选菌岭大，成熟度高，白毛团小，容易胶质化并易开片的菌株。香灰菌丝应选爬壁力强，羽毛状分枝长的，分解木材能力强的菌株作为段木种植的菌株，而代料种植时，香灰菌丝要稍“弱化”一些的菌株才好，否则满瓶、满袋都是香灰菌丝，有限的营养都被香灰菌丝消耗掉，银耳反而长不大。
原种贮藏的时间太长，耳基很大，培养基的养料消耗过甚，菌种的生活力已衰退，应弃之不用。否则使用效果还不如适龄的种植种再扩大培养的菌种。
5. 母种保存
母种应贮藏在4-15℃的冰箱中。每1-3个月移植一次。原种若不马上使用，也应保存在低温、干燥的场所。种植种满瓶后至45天之内就应尽早地种下去。
银耳纯菌种长期单独保藏，所长的子实体有变黄的趋势；而和“香灰”菌丝混合培养，并经过长期保藏，子实体较不易变黄。为了得到雪白的银耳，菌种应从色泽洁白的银耳（野生的或家生的）中进行采种。保种3年以上就应注意色泽的问题。
