液体菌种是用液体培养基培养而成的菌种。近年来，国内外正积极研究液体菌种的培养与利用。与固体菌种相比，它具有菌种生产周期短、菌龄整齐一致、接种方便、接于固体菌料发酵快、适宜于工厂化生产等优点，因而受到了广大栽培者的欢迎。目前我国已能进行深层发酵的食用菌有：香菇、平菇、凤尾菇、美味侧耳、鲍鱼菇、金针菇、黑木耳、猴头、草菇、蜜环菌、茯苓、滑菇和冬虫夏草等，其中应用最多的是香菇和平菇。
一、液体菌种的培养方法
常见的有采用摇床来生产的摇瓶培养法和采用发酵罐来生产的深层培养法。若少量生产，可以用摇瓶培养法。深层培养需要一整套工业发酵设备，如锅炉、空气压缩机、空气净化系统、发酵罐等，故投资大，只适用于工厂化的大规模生产。而摇瓶培养投资少，设备技术简单，适合一般菌种厂生产使用。本节主要介绍摇瓶培养的技术方法。
1. 液体菌种培养基配方
(1)葡萄糖 3% 豆 粉 2%
玉米粉 1% 硫酸镁 0.05%
磷酸二氢钾 0.1% 酵母粉 0.5%
其余为水 pH值 自然
本配方适用于多种食用菌的液体培养。
(2)可溶性淀粉 3～6% 蔗糖 1%
硫酸镁 0.15% 酵母膏 0.1%
其余为水 pH值调至6
本配方适用于平菇、香菇、草菇、猴头和黑木耳等的液体培养。
(3)玉米淀粉 3% 磷酸二氢钾 0.1%
玉米浆 1.2% 硫酸镁 0.07%
其余为水 pH值调至5
本配方适用于香菇。
(4)玉米粉 50g 麦芽汁 100ml
琼脂 0.5g 维生素B1 100ug
水 850ml pH值自然
本配方适用于平菇。
2. 摇瓶振荡培养技术
培养液配制好后，装入500mL容量的三角烧瓶中，每瓶装量为100mL，并加工0～15粒小玻璃珠，加棉塞后再包扎牛皮纸封口，在1.5kg/cm2压力下灭菌30分钟，取出冷却到30℃以下时，接入一块约2平方厘米的斜面菌种，于23℃～25℃下静置培养48小时，再置往复式摇床上振荡培养，振荡频率为80～100次/分，振幅6cm～10cm。如果用旋转式摇床，振荡频率为200～220转／分。摇床室温控制在24℃～25℃，培养时间因菌类不同而异，一般是在7天左右。培养结束的标准是：培养液清澈透明，液中悬浮着大量小菌丝球，并伴有各种菇类特有的香味。
二、液体菌种的检验方法
对液体菌种进行检验可采用感官检查和取样测验相结合的方法。
1. 感官检查 可采用“看、旋、嗅”的步骤进行检查。
看：将样品静置桌上观察。一看菌液颜色和透明度，正常发酵醪液呈黄色或黄褐色，清澈透明，菌丝颜色因菌种而异，老化后颜色变深；染杂菌的醪液则混浊不透明。二看菌丝形态和大小，正常的菌丝大小一致，呈球状、片状、絮状或棒状，菌丝粗壮，线条分明；而染杂菌后，菌丝纤细，轮廓不清。三看上清液与沉淀的比例，菌丝体占比例越大越好，较好的液体菌种，在瓶中所占比例可达80%左右。四看pH值指标是否变色，在培养液中加入甲基红或复合指标剂，经3～5天颜色改变，说明培养液pH值到达4.0左右，为发酵点；如果在24小时内即变色，说明因杂菌快速生长而使培养液酸度剧变。五看有无酵母线，如果在培养液与空气交界处的瓶壁上有灰色条状附着物，说明为酵母菌污染所致，此称为酵母线。
旋：手提样品瓶轻轻旋转一下，观其菌丝体的特点。醪液的粘稠度高，说明菌种性能好；稀薄者表明菌球少，不宜使用。菌丝的悬浮力好，放置5分钟不沉淀，表明菌种生长力强；反之，如果菌丝极易沉淀，说明菌丝已老化或死亡。再次观其菌丝状态，大小不一，毛刺明显，表明是供氧不足；如果菌球缩小且光滑，或菌丝纤细并有自溶现象，说明污染了杂菌。
嗅：在旋转样品后，打开瓶盖嗅气味。培养好的优质液体菌种，均具有芳香气味；而染杂菌的培养液则散发出酸、甜、霉、臭等各种异味。
2. 取样测验 可取液体菌种进行称重检查和粘度检查；生长力测定和出菇试验；化学检查，包括测pH值、糖含量和氧含量等；显微检查，包括细胞分裂状态观察、普通染色和特殊染色等。
三、液体菌种的使用方法
液体菌种可作原种使用，也可作栽培使用。
1. 作原种 取一支100ml。兽用注射器，去掉针尖，换一根内径1mm～2mm，长100mm～120mm的不锈钢钢管，制成一个菌种接种器。使用前，洗净接种器并用纱布包好，经高压蒸汽灭菌，冷却后抽取液体菌种即可进行接种。
经灭菌待接入菌种的原种瓶，先要在无菌条件下去掉棉塞，并改换无菌薄膜包扎瓶口。接种时，将针管插入瓶口上的薄膜，每瓶接种量为10mL～１5ml，要注意使液体菌种均匀分布在培养基表面，拔出针管后要立即用胶布贴封针孔，竖放在培养室的床架上进行培养。
2. 作栽培种或直接进行栽培 液体菌种在作栽培使用时，瓶栽的每瓶接种量为10mL～15mL；熟料袋栽的每袋接种量为，小袋10mL～15mL，大袋的20mL～30mL；开放式床栽的，每平方米接种量为500mL～1000mL，不需要接种针筒，可直接均匀洒在培养料面，或进行穴播。
