我国食用菌栽培发展很快，病虫害的种类和数量也随之增加，亟需加强病虫害防治。食用菌生产虽与大田作物差别较大，但也要实行综合防治。食用菌病虫害的综合防治更要强调预防的重要性，落实各项预防措施，尽量采用农业防治手段，少用或不用农药。食用菌病虫害的综合防治，主要从以下几个方面进行：
一、选场建厂和设计要合理
菌种厂应远离仓库、饲养场。装料间、灭菌锅和接种间建筑设计要合理，灭好菌的菌种袋或菌种瓶要能直接进入接种间，以减少污染的机会。接种室、培养室要经常打扫，进行消毒。要定期检查，发现有污染的菌种立即处理，不可乱丢。出厂的菌种要保证没有污染，不带病虫。栽培场引进菌种时要注意防止带入病虫害。
二、注意栽培室和场地卫生
食用菌栽培室要远离仓库、饲养场、垃圾场。搞好环境卫生，防止害虫孳生。废料、料块、老菌袋不要堆在栽培室附近，并须经过高温堆肥处理后再用。
栽培室的门窗和通风洞口要装纱网，在防空洞、地道、山洞栽培食用菌，出入口处要有一段距离保持黑暗，随手关灯，以防害虫飞入。
露地栽培时要清除栽培场的残株及附近的枯枝落叶、烂草及砖石瓦块。清理环境后，必要时场地还要进行杀虫，南方为防白蚁要挖诱蚁坑或环形沟。
栽培室、地道、山洞、防空洞在栽培食用菌前要清扫干净，架子、墙壁、地面要彻底消毒、杀虫。要特别注意砖缝、架子缝等处容易匿藏害虫的地方。对发病严重的老栽培室要进行熏蒸消毒，方法是每立方米容积用 80 毫升福尔马林倒入 40 克 高锰酸钾中进行熏蒸，装高锰酸钾的容器要深，容积要比福尔马林大 10 倍以上。熏蒸时要密闭栽培室， 2 天后打开门窗通风换气 24 小时再将菌袋送入。也可用硫黄熏，用量每立方米 5 克 ，密闭 48 小时，再过 2 天进料。
三、及时清除残菇进行消毒
采菇后彻底清理料面，将菇根、烂菇及被害菇蕾摘除捡出，集中深埋或烧掉，不可随意扔放。双孢菇培养料和覆土需经消毒处理，在送上床架前用漂白粉或甲醛消毒或喷杀虫剂后盖膜密封 24 小时。
四、新旧菌袋及工具要分开
栽培室的新旧菌袋必须分房隔开存放，绝不可混放，以免病虫传染，使老菌袋的病虫转移到新菌袋上。栽培工具也要分开使用。
五、促菇抑虫抑病
不同的食用菌对其生长发育的条件有不同的要求，要按照各种食用菌的要求对温度、湿度、水分、光线、氢离子浓度 ( 酸碱度 ) 、营养、氧与二氧化碳等进行科学的管理，使整个环境适合食用菌的生长而不利于病原菌和害虫的繁殖生长。当食用菌生长健壮时，也可抑制病原菌和害虫的繁殖生长，即所谓促菇抑虫抑病。例如培养料要选用新鲜无霉变的原料，配比要合理，按要求堆制，使堆制好的培养料不带病菌和害虫；按操作原则进行各种操作等。这样既可提高成品率，又可减少病虫害，降低生产成本。
六、防治害虫要以农业防治为主
1 、利用害虫的习性进行防治
有些害虫有着特殊的习性，如菌蚊有吐丝的习性，该虫的幼虫吐丝，用丝将菇蕾罩住，在网内群居为害，对这些害虫可人工捕捉。瘿蚊有幼体繁殖的习性，一头幼虫从体内繁殖 20 多头小幼虫。瘿蚊虫体小，怕干燥，将发生虫害的菌袋在阳光下曝晒 1 — 2 小时，或撤石灰粉，则虫多干燥而死，可降低虫口密度。跳虫有喜水的习性，对于发生跳虫的菇块可以用水诱集后消灭。另外还有些鳞翅目的幼虫老熟后个体很大，颜色也艳，在采菇和管理中很易发现，可以随时捕捉消灭。对落在亮处的害虫要随时拍打捕杀。有的幼虫留下爬行痕迹要注意沿痕迹寻找捕捉。
2 、水浸法防治害虫
是一种简单易行的方法，使虫体浸于水中造成缺氧和促使原生质与细胞膜分离而致死。但必须注意栽培袋 ( 块 ) 无污染、无杂菌菌块，经 2 ～ 3 小时浸泡不会散，菌丝生长很好，否则水浸后菌块就散掉，虽然达到了消灭害虫的目的，但生产效益将受到损失。其操作方法是：瓶栽培的和袋栽培的可将水注入瓶、袋内，块栽的可将栽培块浸入水中压以重物，避免浮起，浸泡 2 ～ 3 小时，幼虫便会死亡漂浮，浸泡后的瓶、袋沥干水即放回原处。
