一、主要病害
双孢菇栽培中主要有真菌病害、细菌病害和病毒三大病害，从培养料的发酵阶段到出菇结束均可发生。
1. 白色石膏霉 培养料覆土前后，料面或者土层表面产生一种有光泽的白色斑块状菌丝，白色或绒毛状边缘，中间逐渐变成粉末，形状像石膏粉，以后逐渐转为黄褐色，闻有腥臭味，发生后周围不会出菇，这是培养料碱性问题指示菌。通常认为是发酵不良和pH值太高造成的。防治方法：提高堆料发酵质量，碱性高时可用15%过磷酸钙溶液喷洒以降低pH值。清除病菌斑块，喷多菌灵消毒感染部位。
2. 褐斑病 病原菌孢子常粘成一堆，通过溅水、菇蝇、螨类及工具、气流、覆土等传播，菇房内潮湿或培养料和覆土潮湿时该病易发生。病菇菌盖上产生许多针头状褐色斑点，后逐渐扩大，并产生灰白色凹陷，严重时病菇干裂。不产生液汁，不腐烂，最后干枯死亡。防治方法：加强菇房通风换气，降低湿度。劳动工具用4%甲醛溶液消毒。已发病的地方可喷洒500倍的多菌灵溶液。
3. 褐腐病 褐腐病又称白腐病、湿泡病等。幼菇受侵后无法进行下一步的分化发育，后期则形成不规则的灰白色“疙瘩头”或畸形菇。褐腐病病原菌为疣孢霉，该病菌可在土壤中长期存活，其厚垣孢子在土壤中可休眠数年，一般首次侵染主要是厚垣孢子萌发形成的，菇棚内再度加重侵染以至病害蔓延。病菌孢子通过空气及人体、工具等渠道传播，可喷施500倍冠菌清防治，共喷2～3次。
二、主要虫害
1. 菇螨与菇蝇 菇螨虫体小，肉眼不易看清，容易造成危害，常咬断菌丝并在菇体上爬动，还可叮咬人类。该虫卵是从牛粪、鸡粪中带到培养料中，常见群生，每群数千计，开始时白色、黄色，后来逐渐长大成深褐色并分散到培养料中，幼虫群居时为最佳防治时期。菇蝇幼虫是一种白色的蛆，头部尖、尾部钝，将菇体咬食成一条条1毫米粗细的小孔道，成虫淡褐色或黑色，触角很短，能在表土层与草料层上下钻行。两种害虫的防治分两个阶段：一是材料发酵阶段，在培养料堆制并翻倒过程中，在材料表面喷洒聚酯类农药；二是出菇前在覆土表面进行喷施。出菇后不要再喷施农药了，以免影响产品质量和产量。
2. 跳虫 幼虫白色、成虫灰蓝色，体积小，柔软无翅，体长很少超5毫米。从伤口或菌褶部分侵入，主要咬食子实体。防治方法：床面出菇前发现跳虫时，可喷洒40%敌百虫乳油250倍液或70%的氧化乐果乳油500倍液，也可用80%的敌敌畏乳油1000倍液加少量蜜糖诱杀；床面出菇后，可喷洒1.1%的复方苦参植物素500倍液防治，也可用80%的敌敌畏乳油1000倍液加少量蜜糖诱杀。
三、杂菌
1. 鬼伞 鬼伞系草腐性真菌，它的危害主要是消耗料内养分，与蘑菇争夺生存空间。一般发生在播种后4～6天，料面上有稀稀拉拉的黑色伞状子实体出现比较正常，但如果过于稠密，说明培养料没有处理好，如堆料pH值过低，采用了霉变麦草，料内温度过高，堆料中游离氨含量高。防治方法：采用新鲜原料，提高发酵质量，尽量使用石灰粉，加强温湿度管理，发现后及时拔除。
2. 青霉菌 播种后经常出现该杂菌污染。在高温、高湿条件下，首先感染菌种造成播种失败。发生时先由青霉分生孢子，在1～2天内，迅速萌发成菌丝体，繁殖迅速，很快就长出绿色孢子。防治方法：播种时菌种不要埋藏太深，要注意通风、降温、保湿。
3. 黄霉菌 黄霉菌种类较多，菌丝体初期呈白色，后期为淡黄色，该菌可溶解蘑菇菌丝体而造成危害。在培养料过厚、含水量高的条件下黄霉菌容易发生蔓延，有时也感染菌种。防治方法：播种时菌种不要埋藏太深，注意菇房通风、降温和保湿。
