双孢蘑菇的栽培过程中，常多生如下病害：
软腐病
又叫霉菌病、菌被病。感病初期，在菌床上形成一层白色菌丝，似棉絮状，扩展后，覆盖整个床面，造成出菇减少或不出菇。
该菌喜在有机质丰富且潮湿的土壤中生长。在高温、高湿和培养料含水量偏高的条件下，生长繁殖快。
防治方法：培养料要进行高温堆积发酵；覆盖用土要取地表下层土且拌入1%～2%的石灰粉拌匀土粒；减少床面喷水，加强菇房通风；在患病部位撒石灰可预防本病的流行；出现该病后，及时排除病菇，并喷洒50%多菌灵1000倍液或2%～5%的甲醛溶液等杀菌剂进行处理。
鱼子菌
在培养料上长出许多圆形米黄色小颗粒，形如鱼子，故称为“鱼子菌”，该菌除了与蘑菇争夺养分外，还分泌毒素，散发出腥臭味，拟制蘑菇菌丝生长，造成减产。
培养料发酵不良，形成“夹生料”；湿度过大，培养料偏酸性，以及培养料成团变黑变黏，就会引起鱼子病的发生。
防治方法：培养料要发酵彻底，堆制发酵时间不宜过短；控制好培养料水分和酸碱度，培养料含水量以手握料不滴水为宜；培养料要疏松，不黏结成团，不发黑，无臭味，PH值为7.5～7.8；出现鱼子菌后，停止喷水，用300～500倍波尔多液浇灌，抑制病原菌的扩展。
木霉
木霉又叫绿色霉菌，菌丝初为白色棉絮状，产生孢子后逐渐变绿色，最后呈黑绿色。它能产生毒素，抑制蘑菇菌丝的生长，产生毒素致死幼菇。
该病菌通过孢子传播感染，培养料堆制发酵不良和菌种生长良时，易感染木霉类杂菌。而孢子主要靠空气传播，当接种消毒不严栽培环境不卫生时，也极易感染病菌。
防治方法：培养料要求新鲜、干燥，严格按照堆制发酵程序进行，堆制发酵要充分，最好用1%石灰加0.1%多菌灵拌料；播种用菌种要求无木霉感染，生长健壮，菌丝体浓密，菌龄短；当病害点状发生时，将霉点去掉，用石灰或浓石灰水覆盖发病部位；如果木霉菌侵染严重，可用50%多菌灵1000倍液，或克霉灵1000倍液进行局部浇灌，抑制木霉菌扩展。
青霉
青霉在土壤中繁殖后，它与食用菌争夺营养、水分，并分泌毒素抑制双孢蘑菇菌丝体向土壤中生长，在料面上形成深绿色至蓝绿色的菌落，老的菌落表面交织在一起形成一层膜状物，隔断料面吸收空气，从而造成不出菇。
土壤中含有有机质和秸秆较高，并带有青霉菌是造成病害发生的主要原因。通风差、湿度大、闷热，也易导致青霉的大量发生。
防治方法：覆盖土壤应去掉表层土壤，取下层土壤覆盖；培养料用1%石灰加0.1%多菌灵拌匀；点状发生时，用50%多菌灵1000倍液进行浇灌感病部位，抑制青霉扩展；菌床上喷洒0.2%的多菌灵、代森锌等；感染严重的并且面积较大时，应去掉覆盖的土壤，喷洒杀菌剂后，再覆盖新鲜土壤。
褐斑病
又叫斑点病、凹斑病。子实体感病后，首先长出白色绒毛状菌落，随后在菌盖上出现褐色凹陷病斑，其内充满分生孢子，受害的菇畸形，菌柄肿大或弯曲，最后枯死，但菇体不腐烂，无臭味。
自然条件下，该病生长在水稻田土禳中，在温度偏高的条件下易发病，能通过覆土和喷水时传染。
防治方法：培养料要进行充分的腐熟发酵；覆土材料要取下层土壤，用甲醛喷洒后，塑料薄膜覆盖闷杀24小时；覆盖在菌床上的草帘要经常调换覆盖面，不宜一直只用同一面覆盖，否则在草帘受潮后，孳生杂菌而传染蘑菇子实体，同时在草帘上喷洒50%多菌灵1000倍液等杀菌消毒；保湿用水要使用清洁井水或河水，不能使用污水；气温较高时，要加强通风换气，降低湿度；出现该病后，及时去掉病菇，并停止喷水，喷洒2%次氯酸钙或2%～5%甲醛或500倍多菌灵溶液。
锈斑病
蘑菇子实体上出现锈色斑点，或者为褐色斑点，与褐斑病不同的是不产生凹陷。
该病原菌生活在土壤和不清洁水中。在高温、高湿条件下危害严重。
防治方法：所喷水要使用清洁井水或河水，不能使用污水，以免水中带菌传染；加强通风换气，降低温度和湿度，温度控制在20℃以内，湿度保持在85%～95%之间；出现病害后，摘除病菇，然后喷洒多菌灵、克菌等杀菌剂。
菌丝体徒长
双孢蘑菇的料床覆土后，菌丝沿着土粒不断向表层生长，形成一层浓密的菌丝层，结果造成出菇推迟或很少出菇，从而降低质量和产量。
发生原因：培养料腐熟过度，含氮量及含水量过高，容易引起气生型菌丝徒长。棚内通风不良，温度超过22℃，空气相对湿度太高等也易造成菌丝体徒长。
防治方法：调水不要过轻，细土喷水不要太急，要在早晚凉爽时喷水；要加强通风，控制菇棚内的温度；覆土层菌丝徒长较轻的，再覆一层薄土，较重的用刀子划破菌皮，挑掉菌块，补覆细土，喷重水，增大通风。
地雷菇
子实体在土壤中生长，受到土块的压抑；菌盖上有泥土出菇凹凸不平，降低了蘑菇质量，并影响了下一批蘑菇。
料堆过厚，且料中混有泥土，使幼菇在料深处形成。覆盖的土层过厚或者含水量低，抑制了菌丝向土层的生长，从而使幼菇在料内形成。菇层内空气湿度太低，出菇过早，结菇部位低。
防治方法：播种时，不能在培养料中混入土粒，以免在料层中土粒上结菇，造成结菇部位低，而无法长出土表；覆盖用土粒不宜过大，以免幼菇生长无法顶破土粒而在土块下面生长，覆土也不要过厚，以3.5～4cm为宜；诱导出菇须及时，在菌丝生长到距土壤表面1cm时，喷水诱导出菇；结菇部位低的菇要及时采收，以免长大后变成畸形，特别是在春季，易出现地雷菇。
