食用菌的栽培周期相对较短，因此对其使用农药，尤其是在出菇期间使用时极易在子实体内残留农药。在国际市场上对食用菌的卫生要求和检测越来越严格，特别是我国加入ＷＴＯ后，可以预见所谓“绿色贸易壁垒”也越来越成为我国农副产品特别是食用菌出口的严重问题。如美国等一些发达国家已明令禁止在食用菌生产上使用多菌灵等药品，所以要生产无公害、无污染、无残留的“绿色”食用菌，就要采取综合措施防治害虫。
利用害虫的习性进行防治
１、啧丝性
菌蚊的幼虫有吐丝的习性，又群居拉网，一般用丝将菇蕾罩住，很容易发现。另外其蛹有白茧，也容易被看到，对这些害虫可进行人工捕捉销毁。
２、怕燥性
瘿蚊有幼体繁殖的习性（一头幼虫可以从体内繁殖２０多头小幼虫），但瘿蚊虫体小，怕干燥。可将发生虫害的菌袋在阳光下暴晒１～２小时，或撒石灰，则虫多干燥而死，可降低虫口密度。
３、喜水性
跳虫有喜水的习性，对于发生跳虫的菇块可以用水诱集后消灭。
４、变色性
有些鳞翅目（如谷蛾和夜蛾类）的幼虫老熟后身体很大，颜色也较艳丽，在采菇和栽培管理中很容易被发现，可随时捕捉消灭。
５、趋化性
一些害虫（如蝇科和螨科）对糖醋液有强烈的趋性，可在菇房中设诱杀盆，用白酒２５克，水２份，红糖３份，醋３．５份，再加入少量敌百虫；螨对炒熟的种子香味也有强烈的趋性，可用炒香的粕饼撒在纱布上，当螨聚集于纱布上后，把纱布在浓石灰水里浸沾，螨便被杀死，连续几次，杀螨效果可达９０％以上。另外，用５７％辛硫磷０．２５克，麦麸１．５～２．５公斤，加适量水，傍晚撒于菇床周围，可诱杀蟋蟀、蝼蛄。
利用物理方法杀灭害虫
１、黑光灯或粘虫板诱杀
利用蚊蛾的趋光性可以用黑光灯或节能灯诱杀，方法是在菇房灯光下放诱盆，害虫落入盆中即被杀死。也可以在强光处挂粘虫板，粘虫板上涂４０％的聚丙烯粘胶，有效期可达２个月。
２、水浸法防治害虫
即使虫体浸于水中造成缺氧和促使原生质与细胞膜分离致死。但必须注意栽培袋（块）无污染，无杂菌菌块，经２～３小时浸泡不会散；否则水浸后菌块就散掉，虽然灭了虫，但生产效益也会受到损失。方法是：瓶或袋栽培的可将水注入瓶、袋内，块栽的可将栽培块浸入水中压上重物，避免浮起，浸泡２～３小时，幼虫便会死亡漂浮，浸泡后的瓶、袋沥干水后即放回原处。
３、其它方法
在菇房门口，窗和通气口安装６０目纱网，防止成虫入内；在地道菇房的进出口保持几十米黑暗，注意随时关灯，防止成虫趋光而入 。
土农药防治害虫方法
１、用除虫菊１公斤，加水２００～３００升喷雾，还有博落回，猫儿眼、青藤根，雷公藤、毛茛、石蒜等均能杀死为害段木的黑光甲。
２、用半夏、野大蒜、桃树叶和柏树叶捣烂，以１∶１加入水浸渍后取滤液喷施可杀死蚤蝇害虫。
３、用０．１％鱼藤精或１∶１５０的除虫菊喷洒，可杀死跳虫；另外，也可在菇床上撒一层除虫菊或烟草粉末，也就防治跳虫。
生物防治技术
１、小菌蚊蛹期可被姬蜂寄生，寄生率为５０％以上，要注意保护地利用这种小菌蚊的天敌。
２、澳大利亚应用小杆线虫寄生眼蕈蚊收到很好效果，并研究出了离体培育生产大量这类线虫的方法，每年产量已超过２０亿条线虫。
３、利用蜘蛛（如草间小黑蛛，黄褐新园蛛等）防治田间间作食用菌的菇蝇，小菇蚊等害虫。
改进栽培措施
１、搞好环境卫生，清除菇房内外垃圾，有条件的可撒些石灰保持菇房周围干燥，特别是上一年废料，一定要在种菇前２个月烧毁或深埋。
２、菌种培育室应定期熏蒸，制作菌种时，用棉塞塞紧，外面包一层牛皮纸，可以防害虫侵入；如菌种已发现害虫，必须经过熏蒸，或低温冷冻等方法。
３、收菇后要认真清洁料面，除掉烂菇根及烂菇并集中深埋。
４、对发病严重的老栽培室要进行熏蒸，消毒（包括种菇用过的架子、工具等）。方法是每米３容积用８０毫升福尔马林倒入４０克高锰酸钾中进行熏蒸，装高锰酸钾的容器要深，容积比福尔马林大１０倍以上；熏蒸时要密闭栽培室，２天后打开门窗通风换气２４小时再装菌袋送入。也可用硫磺熏，用量为每米３ ５克，密闭４８小时后，再过２天进料。
５、收完３～４茬菇后，及时清除料块，并远离菇房高温堆肥发酵或喷药，避免害虫在废料中繁殖。
６、严禁新老培养块同放一个菇房，以免害虫传播到新菇块中。
７、覆土材料也要经过高温或药剂处理，将害虫杀死。
８、食用菇栽培管理上要避免向菇体直接喷水及温、湿度过高，以免造成菌丝和菇蕾腐烂，繁殖滋生害虫。
